1、系统研究了扇贝种质资源遗传基础，评价了我国主要养殖扇贝地理群体、养殖群体的种质资源，分析了数百个育种核心家系和选育群体的遗传结构，查清了我国扇贝种质资源状况；完成虾夷扇贝、栉孔扇贝等基因组精细图绘制，揭示扇贝基因组高多态性和环境适应的组学机制，成果发表于Nature Ecology & Evolution（封面文章）、Nature Communications，并入选2017年度中国海洋与湖沼十大科技进展及2017年度中国海洋科技十大进展。率先构建了扇贝AFLP、SSR和SNP三代标记的遗传连锁图谱，栉孔扇贝图谱间距达0.41cM，虾夷扇贝达0.26cM，在国际上首先突破<0.5cM的水产生物遗传作图精度，被《DNA Research》选为亮点文章。
2、突破多项育种核心技术，研发贝类BLUP遗传评估技术，创建了国际上首个基于最佳线性无偏预测（BLUP）的贝类遗传评估系统，构建了扇贝现代育种技术体系。成套研发了低成本、高通量遗传标记分型技术，创新了简并基因组分型技术，建立2b-RAD、MethylRAD、Multi-isoRAD全套分型技术体系，实现全基因组SNP与甲基化的同步联合分析，大幅度降低成本；发明高通量探针阵列液相分型技术HD-Marker，实现多种标记的同步高通量分型；研发了精准分型新算法iML和显性标记算法Domcalling，开发软件包RADtyping，准确率较国际算法提高20%以上，分型效率提高一倍。成果发表于方法学权威期刊Nature Methods、Nature Protocols。开发扇贝分子标记辅助育种和全基因组选择技术，应用研发的技术，定位了大量QTL，鉴定到扇贝生长、品质、性别、贝毒代谢等关键基因；开发了第一个贝类全基因组选择育种评估系统，拥有全套自主知识产权。研发了gsbay、sky、LASSO-GBLUP等算法和育种软件，实现GWAS模型与GS模型的融合。成果入选2016年度中国海洋与湖沼十大科技进展，并获省部级技术发明一等奖2项。
3、构建扇贝种质库、信息库和育种网络平台，搭建了联结实验室、育种场、养殖场的育种网络平台，实现联合育种。应用BLUP技术、标记辅助育种技术及全基因组选择技术，先后育成“蓬莱红”栉孔扇贝、“海大金贝”虾夷扇贝、“蓬莱红2号”栉孔扇贝、“獐子岛红”虾夷扇贝和“海益丰12”海湾扇贝等5个扇贝新品种，成果获国家科学技术进步二等奖。推行“良种良法”，经济效益显著，改写扇贝养殖无良种的局面，推广911万亩，创产值497多亿元。