肝衰竭、肝硬化、肝癌等重症肝病病情凶险，病死率高，严重威胁患者生命。为攻克重症肝病高病死率难题，在国家科技重大专项、国家自然基金重大项目等支持下，基础研究与临床转化相结合，获系列创新性成果：
　　（a）创建独特有效、具有自主知识产权的李氏人工肝系统，显著降低肝衰竭病死率。急性、亚急性重型肝炎病死率由88.1%显著降至21.1%，慢性重型肝炎病死率由84.6%显著降至56.6%；主持制定我国首部《肝衰竭诊疗指南》、《非生物型人工肝支持系统治疗肝衰竭指南》，率先建立一系列肝衰竭预警预测模型，引领我国人工肝发展；推广李氏人工肝至全国31个省市300余家单位，治疗肝衰竭10余万例次；成果被纳入2009年APASL（亚太肝病学会）《慢加急性肝衰竭专家共识》。构建国内首个人源性永生化HepLL肝细胞系；创建具有自主知识产权的新型生物反应器和人工肝治疗仪，9项专利成果实现转化；率先应用干细胞移植治疗急性肝衰竭猪获成功，《J Hepatol》亮点评述：开辟了干细胞治疗肝衰竭新途径。 
　　（b）首创李氏人工肝联合肝移植治疗重症肝病的新方法，重症肝病肝移植受者5年生存率提高到80%以上；创建重症肝病肝移植评估与预警体系和急性肾损伤预警模型；发现一系列新的分子标志物，实现肝癌肝移植杭州标准的新突破，经国际同行验证，杭州标准也适合西方国家，使适合肝移植的肝癌患者比例扩大了37.5%；肝移植技术推广至18个省市并率先跨出国门，获我国驻印尼大使馆赞誉：郑树森团队开辟了印尼医学史上活体肝移植成功的先河。香港大学ST Fan院士高度评价：李兰娟院士和郑树森院士团队开创了肝病治疗新途径，是当之无愧的领军者。
　　（c）率先全面揭示肝病肠道微生态宏基因组变化规律；首次运用分子生物学方法确立肠道微生态失衡的判断标准；首次发现毛螺菌科等细菌变化与重症肝病发病密切相关；发现一批代谢标志物对肝硬化和肝癌鉴别诊断有重要价值。《Nature Reviews Genetics》等杂志点评该研究精确阐述了肝硬化肠道菌群的分布特征；创建纳米抗菌肽治疗内源性感染和微生态干预防治重症肝病的新策略，论文入选2009年中国百篇最具影响国际论文。 
　　（d）肝炎慢性化、重症化免疫调节机制研究获得新突破，首次阐明骨桥蛋白调节NKT细胞致肝损伤机制，可作为肝炎治疗新靶点；揭示肿瘤干细胞标志物Oct4在肝癌诊断中的应用价值；发现HBV感染者T细胞应答及调控新机制，《Annual Review ofImmunology》评价：该研究揭示了HBV慢性感染机制。受邀在《Nature Reviews Cancer》撰写RON相关综述。
　　该成果获2013年国家科技进步奖一等奖。